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吨ravelers 既是煤矿中新的 COVID-19 变种的管道又是金丝雀,美国卫生官员正试图利用这些现实来领先于进入该国的变种。
在美国的四个机场——纽约约翰肯尼迪机场、新泽西纽瓦克机场、旧金山国际机场和亚特兰大哈茨菲尔德机场——疾病控制和预防中心 (CDC) 正在与私营公司 XpresCheck 和银杏同心公司合作,对入境旅客进行检测对于 COVID-19。 (华盛顿杜勒斯预计将于 11 月加入该计划。)该测试让 CDC 提前了解哪些变种正在进入该国,哪些新变种可能正在普及并成为美国的威胁
自该计划于 2021 年 9 月作为试点开始以来,每周约有 12,000 至 15,000 名乘客同意在机场的 XpresCheck 地点进行鼻拭子检测,这些样本已汇集并发送给 Ginkgo 的技术人员,由他们进行 PCR 测试SARS-CoV-2 并仅对阳性样本进行基因测序。 当 Ginkgo 的实验室检测到病毒的新变化时,他们会向 CDC 发出警报,科学家们会密切关注这些突变的变化趋势。 这些信息对于 CDC 科学家至关重要,可作为早期检测系统来检测哪些新变体正在进入该国并可能在未来构成威胁。
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这就是 CDC 科学家第一次收到 BA.3 警报的方式,它于 12 月 3 日出现在机场样本中,这是北美的第一个此类报告,比任何其他测试站点早 43 天——以及 BA.2,它出现在乘客中12 月 14 日,比其他报告提前 7 天。 该节目也是首批挑选其他变种的节目之一,这些变种将成为今年冬天值得关注的重要节目,包括 BA.2.75.2、XBB 和 BQ.1。
8 月底,疾病预防控制中心旅行者健康负责人辛迪·弗里德曼(Cindy Friedman)接到团队成员的电话,提醒她注意一种新的突变,最终标记为 BQ.1,当时它正处于迅速在欧洲传播的边缘. 新的突变并不一定意味着一种新的变种可以更容易传播或更具毒性,但这是一个提醒。 该小组将其发现的所有新突变报告给有关 SARS-CoV-2 基因的公共数据库 GISAID,并且该小组关于 BQ.1 的报告是第一个识别该变体的报告。 CDC 科学家随后开始更多地了解其特征,以确定在毒力和传播性方面与以前的变体相比如何。
BQ.1 的数量开始上升,截至 10 月初,该变体约占进入美国的旅行者样本的 17%,这表明该变体可能会成为今年冬天值得关注的一个。 这些数字现在是 CDC 的 COVID-19 数据跟踪器的一部分,该部分专门用于对旅行者进行基因组监测。
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BQ.1 出现在单个混合样本中——这些样本池通常包括 10 到 25 个拭子。 实际上,该项目的目标不是测试个别乘客并将阳性测试追溯到他们,而是确定变异出现和传播的潜在趋势。 这意味着自愿接受拭子检测的乘客无需提供个人信息,只需提供有关他们航班、航班始发地以及最近旅行过的地方的信息。 这也意味着更多的人愿意参与,这对于 CDC 获得有效追踪 SARS-CoV-2 所需的数据至关重要。
随着越来越多的人在家中进行 COVID-19 检测,在医院、医生办公室或向卫生官员报告结果的诊所接受检测的人数越来越少。 因此,卫生当局不再清楚地了解有多少 COVID-19 病例。 这反过来意味着他们也失去了领先于 SARS-CoV-2 变种的能力——通过更少的测试,专家们拥有更少的病毒基因序列,以及对病毒如何变化以逃避疫苗免疫和自然感染。 “要了解正在出现哪些变体,我们需要进行测试,”弗里德曼说。 “我们需要填补监控方面的一些空白,而旅行者来自世界各地,因此他们能够填补因检测、报告和测序下降而造成的空白和盲点。”
目前,该计划包括四个机场每周约 150 个航班。 这些航班被选择代表世界不同地区,以提供关于 SARS-CoV-2 可能如何演变的最广泛的可用数据,包括 26 个国家。 弗里德曼希望很快将其扩大到每周 500 个航班。 由于各国检测其人口的能力存在差异,弗里德曼说,旅行者计划提供了一个额外的好处,即在数据不那么可靠的国家提供有关 COVID-19 趋势的宝贵缺失信息。 “面对全球检测量下降的情况,这个项目是一个很好的样本来源。 对于没有良好数据的国家/地区,他们可以查看我们的公开数据,看看我们发现了哪些变体,”弗里德曼说。
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该计划完全是自愿的。 早期,参与者获得了免费的 PCR 检测试剂盒,然后是快速抗原自我检测试剂盒,作为花几分钟擦拭鼻子的动力; 现在它依靠来自其他国家的乘客的利他主义同意停下来几分钟并提供样本。 Ginkgo Bioworks 的生物安全总经理 Matt McKnight 说:“你会对关心公共卫生的人数感到惊讶,他们明白这是一种公共卫生工具,愿意参与其中。” 在机场,XpresCheck 负责招募和收集样本,并战略性地在乘客可能等待的区域(例如行李提取后或 Uber 接送区域)设置表格。 弗里德曼说,最终,如果该计划在早期识别新变种方面继续证明是成功的,那么这种筛选可能会成为移民处理的常规部分。 这将是监测进入该国的现有和新的公共卫生威胁的理想方式。
目前,志愿者的数量正在产生足够的数据来证明该计划是值得的。 但它不会止步于此。 为了补充旅客的拭子,今年夏天,Concentric 还开始从肯尼迪国际机场的每次长途国际航班降落中抽取约 1 升废水进行测试。 废水监测已成为帮助美国城市跟踪 COVID-19 病例及其变种的宝贵工具,也可能是监测航班上传入的病原体的关键部分。
这就是旅行者计划背后的想法——最终将其用作监测 SARS-CoV-2 以及其他高度传染性病菌的进出的一种方式,包括流感和任何仍未确定的对公共健康的潜在威胁. Ginkgo 团队还与美国国家情报总监办公室的情报高级研究项目活动合作,开发模型来预测他们分析的基因序列是在实验室中设计的,而不是在自然界中出现的可能性,因为一种为可能的生物安全威胁发出危险信号的方法。 “与网络安全一样,专家持续且普遍地监控安全威胁,并寻找异常情况,”麦克奈特说。 “那么,为什么我们不早点发现公共卫生威胁,以便早点开发疫苗等干预措施呢?”
此类计划可能成为抵御自然和人为健康威胁的新防线。 COVID-19 是将更复杂的基因测序工具与计算能力结合在一起的催化剂,“用于病原体检测,可用作检测除 SARS-CoV-2 之外的许多其他病原体的早期预警系统,”弗里德曼说。 “想象一下,如果这个平台在 2020 年重新站起来,那该多好。 这是为下一次爆发或大流行做好更好准备的前进道路。”
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